[日本語総説: 2003-2006]

• 深田吉孝、浅岡洋一
  松果体と体内時計．
  脳と神経、特集『睡眠障害と体内時計』Vol. 55, No. 1, pp.13-24.（2003）
  
  
• 深田吉孝、岡野俊行
  視覚異常症．
  図説 分子病態学 改訂3版, 中外医学社. pp.378-384.（2003）
  
  
• 岡野俊行、深田吉孝
  時計遺伝子総論：脊椎動物．
  『時計遺伝子の分子生物学』（岡村均、深田吉孝 編）, シュプリンガーフェアラーク東京. pp41-48.（2004）
  
  
• 小島大輔、深田吉孝
  概日光受容体とは何か．
  『時計遺伝子の分子生物学』（岡村均、深田吉孝 編）, シュプリンガーフェアラーク東京. pp111-118.（2004）
  
  
• 深田吉孝、片田江舞子
  アデニル酸シクラーゼ
  タンパク質化学講座 第４巻 『酵素 - リアーゼ』, 廣川書店．pp341-345.（2004）
  
  
• 深田吉孝、葛西秀俊　
  「Gタンパク質の脂質修飾を介したシグナル伝達の調節」
  実験医学増刊号「ダイナミックに新展開する脂質研究」, 羊土社．pp858-864.（2005）
  
  
• 深田吉孝、羽鳥恵　
  「生物時計システムにおけるリン酸化の役割」 実験医学 Vol.23, No.11, 増刊号『シグナル伝達研究2005-06』, 羊土社．pp.137-143.（2005）
  
  
• 深田吉孝
  視細胞トランスデューシン．
  生物薬科科学実験講座 第７巻-II『情報伝達物質 [II]シグナル伝達系と細胞機能』, 廣川書店．pp.297-307.（2005）
  
  
• 深田吉孝
  光生体リズム制御.
  『光科学研究の最前線』、pp.342-343.（2005）
  
  
• 深田吉孝
  タンパク質の脂質修飾．
  実験医学別冊『タンパク質修飾解析プロトコール』、羊土社、pp. 186-194, （2005）
  
  
• 葛西秀俊、深田吉孝
  イソプレニル化の解析．
  実験医学別冊『タンパク質の翻訳後修飾解析プロトコール』, 羊土社、pp.216-224、（2005）
  
  
• 岡野俊行、深田吉孝
  光から時計遺伝子への分子機構．．
  医学のあゆみ 特集『時計遺伝子』Vol.216, 医歯薬出版, pp.211-214．(2006）
  
  
• 深田吉孝
  生物時計システムへの分子アプローチ．
  実験医学 Vol.24, No.4 特集『ここまでわかった生物時計の分子ネットワーク』、羊土社、 pp.446-451．（2006）
  
  
• 広田毅、深田吉孝
  時計タンパク質の多段階リン酸化．
  実験医学Vol.24, No.4 特集『ここまでわかった生物時計の分子ネットワーク』、羊土社、 pp.452-459．(2006）
  
  
• 葛西秀俊、高尾敏文、深田吉孝
  質量分析法による翻訳後修飾の精密解析〜光シグナル伝達系でのファルネシル化の役割〜
  細胞工学 Vol. 25, No.6, 特集『プロテオミクスの細胞機能解析への挑戦』、秀潤社、pp.608-612.（2006）
  
  
• 葛西秀俊、深田吉孝
  Gタンパク質の選択的ファルネシル化による光シグナル伝達の制御．
  生化学 Vol.78, No.6, pp.533-537（2006）
  
  
• 深田吉孝、吉種光
  生物時計の生化学．
  学術月報 Vol.59, No.12, 特集『時間生物学』、日本学術振興会、pp.17-22.（2006）
  
  
• 深田吉孝
  動物の光受容と生物時計の分子メカニズムに関する研究．
  （平成18年度 日本動物学会賞研究内容）．生物科学ニュース、8月号、pp.17-23（2006）