Publications(2023/9/7 updated)
- Y. Tanaka, M. Yamagishi, Y. Motomura, T. Kamatani, Y. Oguchi, N. Suzuki, T. Kiniwa, H. Kabata, T. Tsunoda, F. Miya, K. Goda, O. Ohara, T. Funatsu, K. Fukunaga, K. Moro, S. Uemura* and Y. Shirasaki*
Time-Dependent Cell-State Selection identifies transiently expressed genes regulating ILC2 activation
Commun. Biol., 6, 915 (2023) - H. Ebata, T. Shima*, R. Iizuka, and S. Uemura*
Accumulation of TERT in Mitochondria Shows Two Opposing Effects on Apoptosis
FEBS Open Bio, 13, 1667-1682 (2023) - S. Uemura
Comprehensive quantitative analysis of single-molecule proteins using ribosome fusion nanopore technology
Impact, 2, 50-52 (2023) - H. Narita, T. Shima*, R. Iizuka, and S. Uemura*
N-terminal region of Drosophila melanogaster Argonaute2 forms amyloid-like aggregates
BMC Biol., 21, 78 (2023) - R. Baba, H. Kabata, Y. Shirasaki, T. Kamatani, M. Yamagishi, M. Irie, R. Watanabe, M. Matsusaka, K. Masaki, J. Miyata, K. Moro, S. Uemura, and K. Fukunaga
Upregulation of IL-4 receptor signaling pathway in circulating ILC2s from asthma patients
J. Allergy Clin. Immunol., 1, 299-304 (2022) - K. Fujimoto, A. Nakajima, S. Hori, Y. Tanaka, Y. Shirasaki, S. Uemura, and N. Irie
Whole-embryonic identification of maternal microchimeric cell types in mouse using single-cell RNA sequencing
Scientific Reports, 12, 18313 (2022) - R. Iizuka, H. Yamazaki and S. Uemura
Zero-mode waveguides and nanopore-based sequencing technologies accelerate single-molecule studies
Biophys Physicobiol., 19, e190032 (2022) - Y. Kinoshita, R. Murakami, N. Muto, S. Kubo, R. Iizuka, and S. Uemura
Heterogeneous dissociation process of truncated RNAs by oligomerized Vasa helicase
Commun. Biol., 4, 1386 (2021) - Y. Oguchi*, H. Shintaku, and S. Uemura*
Development of a sequencing system for spatial decoding of DNA barcode molecules at single-molecule resolution
Commun. Biol., 3, 788 (2020) - N. Nitta, T. Iino, A. Isozaki, M. Yamagishi, Y. Kitahama, S. Sakuma, Y. Suzuki, H. Tezuka, M. Oikawa, F. Arai, T. Asai, D. Deng, H. Fukuzawa, M. Hase, T. Hasunuma, T. Hayakawa, K. Hiraki, K. Hiramatsu, Y. Hoshino, M. Inaba, Y. Inoue, T. Ito, M. Kajikawa, H. Karakawa, Y. Kasai, Y. Kato, H. Kobayashi, C. Lei, S. Matsusaka, H. Mikami, A. Nakagawa, K. Numata, T. Ota, T. Sekiya, K. Shiba, Y. Shirasaki, N. Suzuki, S. Tanaka, S. Ueno, H. Watarai, T. Yamano, M. Yazawa, Y. Yonamine, D. D. Carlo, Y. Hosokawa, S. Uemura, T. Sugimura, Y. Ozeki, and K. Goda
Raman image-activated cell sorting
Nature Commun., 11, 3452 (2020) - A. Isozaki, H. Mikami, H. Tezuka, H. Matsumura, K. Huang, M. Akamine, K. Hiramatsu, T. Iino, T. Ito, H. Karakawa, Y. Kasai, Y. Li, Y. Nakagawa, S. Ohnuki, T. Ota, Y. Qian, S. Sakuma, T. Sekiya, Y. Shirasaki, N. Suzuki, E. Tayyabi, T. Wakamiya, M. Xu, M. Yamagishi, H. Yan, Q. Yu, S. Yan, D. Yuan, W. Zhang, Y. Zhao, F. Arai, R. E. Campbell, C. Danelon, D. D. Carlo, K. Hiraki, Y. Hoshino, Y. Hosokawa, M. Inaba, A. Nakagawa, Y. Ohya, M. Oikawa, S. Uemura, Y. Ozeki, T. Sugimura, N. Nitta, and K. Goda
Intelligent Image-Activated Cell Sorting 2.0
Lab Chip., 20, 2263-2273 (2020) - H. Mikami, M. Kawaguchi, C.J. Huang, H. Matsumura, T. Sugimura, K. Huang, C. Lei, S. Ueno, T. Miura, T. Ito, K. Nagasawa, T. Maeno, H. Watarai, M. Yamagishi, S. Uemura, S. Ohnuki, Y. Ohya, H. Kurokawa, S. Matsusaka, C.W. Sun, Y. Ozeki, and K. Goda
Virtual-freezing fluorescence imaging flow cytometry
Nature Commun., 11, 1162 (2020) - T. Shima, S. Uemura
Molecular Dynamics Revealed by Single-Molecule FRET Measurement. In: Toyama Y., Miyawaki A., Nakamura M., Jinzaki M. (eds) Make Life Visible.
Springer, Singapore, Chapter 10, 105-113 (2019) - D. Di Carlo, F. Arai, K. Goda, T. J. Huang, Y. H. Lo, N. Nitta, Y. Ozeki, K. Tsia, S. Uemura, K.K.Y. Wong
Comment on “Ghost cytometry”
Science, 364, eaav1429 (2019) - A. Polykratis, A. Martens, R. O. Eren, Y Shirasaki, M. Yamagishi, Y. Yamaguchi, S. Uemura, M. Miura, B. Holzmann, G. Kollias, M. Armaka, G. v. Loo, and M. Pasparakis
A20 prevents inflammasome-dependent arthritis by inhibiting macrophage necroptosis through its ZnF7 ubiquitin binding domain
Nature Cell Biol., 21, 731-742 (2019) - A. Isozaki, H. Mikami, K. Hiramatsu, S. Sakuma, Y. Kasai, T. Iino, T. Yamano, A. Yasumoto, Y. Oguchi, N. Suzuki, Y. Shirasaki, T. Endo, T. Ito, K. Hiraki, M. Yamada, S. Matsusaka, T. Hayakawa, H. Fukuzawa, Y. Yatomi, F. Arai, D. D. Carlo, A. Nakagawa, Y. Hoshino, Y. Hosokawa, S. Uemura, T. Sugimura, Y. Ozeki, N. Nitta, and K. Goda
A practical guide to intelligent image-activated cell sorting
Nature Protoc., 14, 2370-2415 (2019) - S. Murai, Y. Yamaguchi, Y Shirasaki, M. Yamagishi, R. Shindo, J. Hildebrand, R. Miura, O. Nakabayashi, M. Totsuka, T. Tomida, S. A. Akahane, S. Uemura, J. Silke, H. Yagita, M. Miura, and H. Nakano.
A FRET biosensor for necroptosis uncovers two different modes of the release of DAMPs
Nature Commun., 9, 4457 (2018) - T. Shima, M. Morikawa, J. Kaneshiro, T. Kambara, S. Kamimura, T. Yagi, H. Iwamoto, S. Uemura, H. Shigematsu, M. Shirouzu, T. Ichimura, T. Watanabe, R. Nitta, Y. Okada, and N. Hirokawa.
Kinesin-binding triggered conformation switching of microtubules contributes to polarized transport
J. Cell. Biol., 217, 4164-4183 (2018) - N. Nitta, T. Sugimura, A. Isozaki, H. Mikami, K. Hiraki, S. Sakuma, T. Iino, F. Arai, T. Endo, Y. Fujiwaki, H. Fukuzawa, M. Hase, T. Hayakawa, K. Hiramatsu, Y. Hoshino, M. Inaba, T. Ito, H. Karakawa, Y. Kasai, K. Koizumi, S. Lee, C. Lei, M. Li, T. Maeno, S. Matsusaka, D. Murakami, A. Nakagawa, Y. Oguchi, M. Oikawa, T. Ota, K Shiba, H Shintaku, Y Shirasaki, K. Suga, Y. Suzuki, N. Suzuki, Y. Tanaka, H. Tezuka, C. Toyokawa, Y. Yalikun, M. Yamada, M. Yamagishi, T. Yamano, A. Yasumoto, Y. Yatomi, M. Yazawa, D. D. Carlo, Y. Hosokawa, S. Uemura, Y. Ozeki, and K. Goda
Intelligent Image-Activated Cell Sorting
Cell, 175, 266-276 (2018) - M. F. Kuwabara, K. Wasano, S. Takahashi, J. Bodner, T. Komori, S. Uemura, J. Zheng, T. Shima, and K. Homma
The extracellular loop of pendrin and prestin modulates their voltage-sensing property
J. Biol. Chem., 293, 9970-9980 (2018) - M. N. Abdelmoez*, K. Iida*, Y. Oguchi*, H. Nishikii, R. Yokokawa, H. Kotera, S. Uemura, J. G. Santiago and H. Shintaku
SINC-seq: correlation of transient gene expressions between nucleus and cytoplasm reflects single-cell physiology
Genome Biol, 19, 66 (2018) *equal contribution - S. Osuka, K. Isomura, S. Kajimoto, T. Komori, H. Nishimasu, T. Shima*, O. Nureki* and S Uemura
Real-time observation of flexible domain movements in CRISPR-Cas9
EMBO J, 37, e96941 (2018) - T. Kamatani, K. Fukunaga*, K. Miyata, Y. Shirasaki, J. Tanaka, R. Baba, M. Matsusaka, N. Kamatani, K. Moro, T. Betsuyaku and S. Uemura
Construction of a system using a deep learning algorithm to count cell numbers in nanoliter wells for viable single-cell experiments
Scientific Reports, 7, 16831 (2017) - G. Kasuya, M. Hiraizumi, A. D. Maturana, K. Kumazaki, Y. Fujiwara, K. Liu, Y. Nakada-Nakura, S. Iwata, K. Tsukada, T. Komori, S. Uemura, Y. Goto, T. Nakane, M. Takemoto, H. E. Kato, K. Yamashita, M. Wada, K. Ito, R. Ishitani, M. Hattori and O. Nureki
Crystal structures of the TRIC trimeric interacellular cation channel orthologues
Cell Research, 26, 1288-1301 (2016) - A. Tsai, J. D. Puglisi and S. Uemura
Probing the translation dynamics of ribosomes using Zero-Mode Waveguides
Prog Mol Biol Transl Sci., 139, 1-43 (2016) - A. Tsai, S. Uemura, M. Johansson, E. V. Puglisi, R. A. Marshall, C. Aitken, J. Korlach, M. Ehrenberg, and J. D. Puglisi
The impact of aminoglycosides on the dynamics of translation elongation
Cell Reports, 3, 497-508 (2013) - A. Tsai, A. Petrov, R. A. Marshall, J. Korlach, S. Uemura*, and J. D. Puglisi*
Heterogeneous pathways and timing of factor departure during translation initiation
Nature, 487, 390-393 (2012) *corresponding author - T. Masuda, A. Petrov, R. Iizuka, T. Funatsu, J. D. Puglisi, and S. Uemura
Initiation factor 2, tRNA and 50S subunits cooperatively stabilize mRNAs on the ribosome during initiation
Proc Natl Acad Sci USA, 109, 4881-4885 (2012) - S. Uemura, and J. D. Puglisi
Real-time monitoring of single molecule translation
Springer, Berlin Heidelberg New York, Chapter 23, 289-296 (2011) - R. Iizuka, T. Funatsu, and S. Uemura
Real time single-molecule observation of green fluorescent protein synthesis by immobilized ribosomes
Methods. Mol. Biol, 778, 215-228 (2011) - A. Petrov, G. Kornberg, S. O’Leary, A. Tsai, S. Uemura, and J. D. Puglisi
Dynamics of the translational machinery
Curr Opin Struct Biol, 21, 137-145 (2011) - S. Uemura, C. E. Aitken, J. Korlach, B. Flusberg, S. Turner, and J. D. Puglisi
Real time tRNA transit on single translating ribosomes at codon resolution
Nature, 464, 1012-1017 (2010) - S. Uemura, R. Iizuka, T. Ueno, Y. Shimizu, H. Taguchi, T. Ueda, J. D. Puglisi, and T. Funatsu
Single molecule imaging of full protein synthesis by immobilized ribosomes
Nucleic Acids Research, 36, e70 (2008) - S. Uemura
Single molecule force measurement for protein synthesis on the ribosome
World Scientific Physics of Self-Organization System, 21-36 (2008) - S. Uemura, M. Dorywalska, T. H. Lee, H. D. Kim, J. D. Puglisi, and S. Chu
Peptide bond formation destabilizes Shine-Dalgarno interaction on the ribosome
Nature, 446, 454-457 (2007) - S. Uemura, H. Higuchi, A. O. Olivares, E. M. De La Cruz, and S. Ishiwata
Mechanochemical coupling of two substeps in the single molecule of myosin-V
Nature Struct & Mol Biol, 11, 877-883 (2004) - S. Uemura, and S. Ishiwata
Loading direction regulates the affinity of ADP for kinesin
Nature Struct Biol, 10, 308-311 (2003) - K. Kawaguchi, S. Uemura, and S. Ishiwata
Equilibrium and transition between single- and double-headed binding of kinesin as revealed by single molecule mechanics
Biophys J, 84, 1103-1113 (2003) - M. Y. Ali, S. Uemura, K. Adachi, H. Itoh, K. Kinosita. Jr, and S. Ishiwata
Myosin-V is a left-handed spiral motor on the right-handed actin helix
Nature Struct Biol, 9, 464-467 (2002) - S. Uemura, K. Kawaguchi, J. Yajima, M. Edamatsu, Y. Y. Toyoshima, and S. Ishiwata
Kinesin-microtubule binding depends on both nucleotide state and loading direction
Proc Natl Acad Sci USA, 99, 5977-5981 (2002) - I. Fujiwara, S. Suetsugu, S. Uemura, T. Takenawa, and S. Ishiwata
Visualization and force measurement of branching by Arp2/3 complex and N-WASP in actin filament
Biochem Biophys Res Comm, 293, 1550-1555 (2002)
Publications (Japanese)
- 山崎洋人、飯塚怜、上村想太郎 1分子シークエンス技術の生体機能研究への応用
生体分子環境の化学 第16章 化学同人 (2023) - 上村想太郎 1分子シーケンサー企業の本気度と生物物理展開次世代シーケンサー
生物物理(巻頭言) 62, 211 (2022) - 飯塚怜、上村想太郎 次世代シーケンサー
先端の分析法第5章 515-520 あづま堂 (2021) - 島知弘、上村想太郎 1分子FRETで観る分子の動態
医学のあゆみ Vol.262 No.5, 567-572 医歯薬出版株式会社 (2017) - 白崎善隆、山岸舞、小原收、上村想太郎 1細胞分泌実時間イメージング法
細胞工学 Vol.34 No.3 秀潤社 (2015) - 上村想太郎 リボソームによるタンパク質翻訳
「1分子生物学」石渡信一・原田慶恵編 第9章 化学同人 (2014) - 上村想太郎 1分子シークエンサー
「1分子生物学」石渡信一・原田慶恵編 第21章 化学同人 (2014) - 上村想太郎 Zero Mode Waveguides法による新しい1分子計測
「1分子計測」化学フロンティアシリーズ23 トピックス3 化学同人 (2014) - 上村想太郎 次世代1分子計測技術でみえるタンパク質翻訳のしくみ
パリティ 28, 11-13 (2013) - 上村想太郎 次世代1分子可視化技術で明らかになるタンパク質翻訳の仕組み
顕微鏡 47, 206-210 (2012) - 上村想太郎 生物物理を基軸とした分野横断の重要性
生物物理 52, 96-97. (2012) - 上村想太郎 なぜいま1分子を計るのか?
現代化学 11月, 20-24. (2011) - 上村想太郎、小澤岳昌、加地範匡、権田幸祐 見つけることに意義がある
現代化学 11月, 26-30. (2011) - 上村想太郎 ついに可視化されたコドンレベルのタンパク質合成
生物物理 50, 294-295. (2010) - 上村想太郎 レーザートラップや蛍光を用いた1分子計測のタンパク質翻訳機構への応用
BIOINDUSTRY 2月号 (2009) - 上村想太郎 タンパク質誕生の1分子可視化法
生物物理 48, 340-341. (2008) - 上村想太郎、船津高志 タンパク質の翻訳と折りたたみ過程の1分子蛍光イメージング
ぶんせき 11, 582-586. (2008) - 上村想太郎 リニア分子モーターの奥深さ~細胞骨格モーターから核酸モーターへ~
化学同人「最新分子マシン」 113-117. (2008) - 上村想太郎、船津高志 1分子蛍光イメージング・1分子操作
蛋白質・核酸・酵素(増刊号) 52, 1631-1636. (2007) - 上村想太郎、石渡信一 生体分子モーターの1分子力学
応用物理 74, 196-201. (2005) - 川口憲治、上村想太郎、石渡信一 キネシン分子モーターの仕組み
生物物理 42,156-161. (2002)
Others
Awards
2022 | Nakatani Foundation | The Nakatani Foundation Award |
2016 | World Economic Forum | Young Global Leader 2016 |
2011 | Commendation by the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology | The Young Scientist’s Prize |
2009 | Research Foundation for Opto-Science and Technology | Research Award |
2006 | The Biophysical Society of Japan | Early Research in Biophysics Award |
2006 | Inoue Foundation of Science | Inoue Research Award for Young Scientists |
2022 | 中谷医工計測技術振興財団 | 中谷奨励賞 |
2016 | 世界経済フォーラム | ヤンググローバルリーダー |
2011 | 文部科学省 文部科学大臣表彰 | 若手科学者賞 |
2009 | 光科学技術研究振興財団 | 研究表彰 |
2006 | 日本生物物理学会 | 若手奨励賞 |
2006 | 井上科学振興財団 | 井上研究奨励賞 |
Intellectual properties
特許6436955 特願2016-018036
特許取得日 | 2018/11/22 |
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発明の名称 | 粒子分取装置及び粒子分取方法 |
発明者 | 合田圭介、磯崎瑛宏、芝田悠大、上村想太郎、白崎善隆、黄惇厚、小関泰之 |
出願人 | 国立研究開発法人 科学技術振興機構 |
特許6338262 特願2017-557217, PCT/JP2017/003069 国際公開番号:WO2017131216
特許取得日 | 2018/5/18 |
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発明の名称 | 生体高分子分画用チップ、それを用いた生体高分子の分画方法、および生体高分子の分析方法 |
発明者 | 新宅博文、藁谷卓也、上村想太郎、小口祐伴 |
出願人 | 国立大学法人 京都大学 |
特許6781914 特願2017-562894, PCT/JP2017/001770 国際公開番号:WO2017126615
登録日及び発行日 | 2020/10/21,2020/11/11 |
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発明の名称 | 経時変化の情報を基に細胞を回収する方法およびシステム |
発明者 | 白崎善隆、上村想太郎、田中優実子、山岸舞 |
出願人 | 国立大学法人 東京大学 |
特許6288650 特願2015-506760,PCT/JP2014/057085 国際公開番号:WO2014148419
特許取得日 | 2018/2/16 |
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発明の名称 | 核酸配列決定用のフローセル |
発明者 | 上村想太郎、小口祐伴 |
出願人 | 独立行政法人 理化学研究所 |
特許5598784 特願2014-508640, PCT/JP2013/073233 国際公開番号:WO2014034818
特許取得日 | 2014/10/1 |
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発明の名称 | 標的核酸の分析方法、キットおよび分析機器 |
発明者 | 林崎良英、伊藤昌可、荒川貴博、臼井健悟、上村想太郎、三谷康正 |
出願人 | 株式会社ダナフォーム |
Newspapers
- 2022/3/16
日本経済新聞12面「第14回中谷賞決定」 - 2010/4/15
日刊工業新聞20面「リボソームのタンパク質作成―1分子レベルで可視化―」 - 2010/4/15
日経産業新聞12面「蛍光物質で可視化 米スタンフォード大 創薬に応用」 - 2010/5/14
朝日新聞22面 「細胞が生きたまま観察について」
TV
- 2016/4/30 14時~15時
NHK Eテレ「テレビシンポジウム」第5回科学の甲子園
→出演ダイジェスト版をご覧になりたい方はメールでご連絡ください。
Highlights
- ‘Complex molecular dynamics in the spotlight’
Nature Biotechnology(News and Views)28, 564-565. (2010) - ‘A ribosome in action’
Nature(News and Views)464, 987-988. (2010) - ‘A glow on protein synthesis’
Nature Methods(Research Highlight)7, 422-423. (2010)