Department of Biological Sciences, Graduate School of Science
JAPANESE

Publications

Publications

  • H. Mikami, M. Kawaguchi, C.J. Huang, H. Matsumura, T. Sugimura, K. Huang, C. Lei, S. Ueno, T. Miura, T. Ito, K. Nagasawa, T. Maeno, H. Watarai, M. Yamagishi, S. Uemura, S. Ohnuki, Y. Ohya, H. Kurokawa, S. Matsusaka, C.W. Sun, Y. Ozeki, and K. Goda
    Virtual-freezing fluorescence imaging flow cytometry
    Nature Commun., In press (2020)
  • T. Shima, S. Uemura
    Molecular Dynamics Revealed by Single-Molecule FRET Measurement. In: Toyama Y., Miyawaki A., Nakamura M., Jinzaki M. (eds) Make Life Visible.
    Springer, Singapore, Chapter 10, 105-113 (2019)
  • D. Di Carlo, F. Arai, K. Goda, T. J. Huang, Y. H. Lo, N. Nitta, Y. Ozeki, K. Tsia, S. Uemura, K.K.Y. Wong
    Comment on “Ghost cytometry”
    Science364, eaav1429 (2019)
  • A. Polykratis, A. Martens, R. O. Eren, Y Shirasaki, M. Yamagishi, Y. Yamaguchi, S. Uemura, M. Miura, B. Holzmann, G. Kollias, M. Armaka, G. v. Loo, and M. Pasparakis
    A20 prevents inflammasome-dependent arthritis by inhibiting macrophage necroptosis through its ZnF7 ubiquitin binding domain
    Nature Cell Biol.21, 731-742 (2019)
  • A. Isozaki, H. Mikami, K. Hiramatsu, S. Sakuma, Y. Kasai, T. Iino, T. Yamano, A. Yasumoto, Y. Oguchi, N. Suzuki, Y. Shirasaki, T. Endo, T. Ito, K. Hiraki, M. Yamada, S. Matsusaka, T. Hayakawa, H. Fukuzawa, Y. Yatomi, F. Arai, D. D. Carlo, A. Nakagawa, Y. Hoshino, Y. Hosokawa, S. Uemura, T. Sugimura, Y. Ozeki, N. Nitta, and K. Goda
    A practical guide to intelligent image-activated cell sorting
    Nature Protoc.14, 2370-2415 (2019)
  • S. Murai, Y. Yamaguchi, Y Shirasaki, M. Yamagishi, R. Shindo, J. Hildebrand, R. Miura, O. Nakabayashi, M. Totsuka, T. Tomida, S. A. Akahane, S. Uemura, J. Silke, H. Yagita, M. Miura, and H. Nakano.
    A FRET biosensor for necroptosis uncovers two different modes of the release of DAMPs
    Nature Commun.9, 4457 (2018)
  • T. Shima, M. Morikawa, J. Kaneshiro, T. Kambara, S. Kamimura, T. Yagi, H. Iwamoto, S. Uemura, H. Shigematsu, M. Shirouzu, T. Ichimura, T. Watanabe, R. Nitta, Y. Okada, and N. Hirokawa.
    Kinesin-binding triggered conformation switching of microtubules contributes to polarized transport
    J. Cell. Biol.217, 4164-4183 (2018)
  • N. Nitta, T. Sugimura, A. Isozaki, H. Mikami, K. Hiraki, S. Sakuma, T. Iino, F. Arai, T. Endo, Y. Fujiwaki, H. Fukuzawa, M. Hase, T. Hayakawa, K. Hiramatsu, Y. Hoshino, M. Inaba, T. Ito, H. Karakawa, Y. Kasai, K. Koizumi, S. Lee, C. Lei, M. Li, T. Maeno, S. Matsusaka, D. Murakami, A. Nakagawa, Y. Oguchi, M. Oikawa, T. Ota, K Shiba, H Shintaku, Y Shirasaki, K. Suga, Y. Suzuki, N. Suzuki, Y. Tanaka, H. Tezuka, C. Toyokawa, Y. Yalikun, M. Yamada, M. Yamagishi, T. Yamano, A. Yasumoto, Y. Yatomi, M. Yazawa, D. D. Carlo, Y. Hosokawa, S. Uemura, Y. Ozeki, and K. Goda
    Intelligent Image-Activated Cell Sorting
    Cell175, 266-276 (2018)
  • M. F. Kuwabara, K. Wasano, S. Takahashi, J. Bodner, T. Komori, S. Uemura, J. Zheng, T. Shima, and K. Homma
    The extracellular loop of pendrin and prestin modulates their voltage-sensing property
    J. Biol. Chem.293, 9970-9980 (2018)
  • M. N. Abdelmoez*, K. Iida*, Y. Oguchi*, H. Nishikii, R. Yokokawa, H. Kotera, S. Uemura, J. G. Santiago and H. Shintaku
    SINC-seq: correlation of transient gene expressions between nucleus and cytoplasm reflects single-cell physiology
    Genome Biol19, 66 (2018) *equal contribution
  • S. Osuka, K. Isomura, S. Kajimoto, T. Komori, H. Nishimasu, T. Shima*, O. Nureki* and S Uemura
    Real-time observation of flexible domain movements in CRISPR-Cas9
    EMBO J37, e96941 (2018)
  • T. Kamatani, K. Fukunaga*, K. Miyata, Y. Shirasaki, J. Tanaka, R. Baba, M. Matsusaka, N. Kamatani, K. Moro, T. Betsuyaku and S. Uemura
    Construction of a system using a deep learning algorithm to count cell numbers in nanoliter wells for viable single-cell experiments
    Scientific Reports7, 16831 (2017)
  • G. Kasuya, M. Hiraizumi, A. D. Maturana, K. Kumazaki, Y. Fujiwara, K. Liu, Y. Nakada-Nakura, S. Iwata, K. Tsukada, T. Komori, S. Uemura, Y. Goto, T. Nakane, M. Takemoto, H. E. Kato, K. Yamashita, M. Wada, K. Ito, R. Ishitani, M. Hattori and O. Nureki
    Crystal structures of the TRIC trimeric interacellular cation channel orthologues
    Cell Research26, 1288-1301 (2016)
  • A. Tsai, J. D. Puglisi and S. Uemura
    Probing the translation dynamics of ribosomes using Zero-Mode Waveguides
    Prog Mol Biol Transl Sci.139, 1-43 (2016)
  • A. Tsai, S. Uemura, M. Johansson, E. V. Puglisi, R. A. Marshall, C. Aitken, J. Korlach, M. Ehrenberg, and J. D. Puglisi
    The impact of aminoglycosides on the dynamics of translation elongation
    Cell Reports3, 497-508 (2013)
  • A. Tsai, A. Petrov, R. A. Marshall, J. Korlach, S. Uemura*, and J. D. Puglisi*
    Heterogeneous pathways and timing of factor departure during translation initiation
    Nature487, 390-393 (2012) *corresponding author
  • T. Masuda, A. Petrov, R. Iizuka, T. Funatsu, J. D. Puglisi, and S. Uemura
    Initiation factor 2, tRNA and 50S subunits cooperatively stabilize mRNAs on the ribosome during initiation
    Proc Natl Acad Sci USA109, 4881-4885 (2012)
  • S. Uemura, and J. D. Puglisi
    Real-time monitoring of single molecule translation
    Springer, Berlin Heidelberg New York, Chapter 23, 289-296 (2011)
  • R. Iizuka, T. Funatsu, and S. Uemura
    Real time single-molecule observation of green fluorescent protein synthesis by immobilized ribosomes
    Methods. Mol. Biol778, 215-228 (2011)
  • A. Petrov, G. Kornberg, S. O’Leary, A. Tsai, S. Uemura, and J. D. Puglisi
    Dynamics of the translational machinery
    Curr Opin Struct Biol21, 137-145 (2011)
  • S. Uemura, C. E. Aitken, J. Korlach, B. Flusberg, S. Turner, and J. D. Puglisi
    Real time tRNA transit on single translating ribosomes at codon resolution
    Nature, 464, 1012-1017 (2010)
  • S. Uemura, R. Iizuka, T. Ueno, Y. Shimizu, H. Taguchi, T. Ueda, J. D. Puglisi, and T. Funatsu
    Single molecule imaging of full protein synthesis by immobilized ribosomes
    Nucleic Acids Research, 36, e70 (2008)
  • S. Uemura
    Single molecule force measurement for protein synthesis on the ribosome
    World Scientific Physics of Self-Organization System, 21-36 (2008)
  • S. Uemura, M. Dorywalska, T. H. Lee, H. D. Kim, J. D. Puglisi, and S. Chu
    Peptide bond formation destabilizes Shine-Dalgarno interaction on the ribosome
    Nature, 446, 454-457 (2007)
  • S. Uemura, H. Higuchi, A. O. Olivares, E. M. De La Cruz, and S. Ishiwata
    Mechanochemical coupling of two substeps in the single molecule of myosin-V
    Nature Struct & Mol Biol, 11, 877-883 (2004)
  • S. Uemura, and S. Ishiwata
    Loading direction regulates the affinity of ADP for kinesin
    Nature Struct Biol, 10, 308-311 (2003)
  • K. Kawaguchi, S. Uemura, and S. Ishiwata
    Equilibrium and transition between single- and double-headed binding of kinesin as revealed by single molecule mechanics
    Biophys J, 84, 1103-1113 (2003)
  • M. Y. Ali, S. Uemura, K. Adachi, H. Itoh, K. Kinosita. Jr, and S. Ishiwata
    Myosin-V is a left-handed spiral motor on the right-handed actin helix
    Nature Struct Biol, 9, 464-467 (2002)
  • S. Uemura, K. Kawaguchi, J. Yajima, M. Edamatsu, Y. Y. Toyoshima, and S. Ishiwata
    Kinesin-microtubule binding depends on both nucleotide state and loading direction
    Proc Natl Acad Sci USA, 99, 5977-5981 (2002)
  • I. Fujiwara, S. Suetsugu, S. Uemura, T. Takenawa, and S. Ishiwata
    Visualization and force measurement of branching by Arp2/3 complex and N-WASP in actin filament
    Biochem Biophys Res Comm293, 1550-1555 (2002)

Publications (Japanese)

  • 島知弘、上村想太郎 1分子FRETで観る分子の動態
    医学のあゆみ Vol.262 No.5, 567-572 医歯薬出版株式会社 (2017)
  • 白崎善隆、山岸舞、小原收、上村想太郎 1細胞分泌実時間イメージング法
    細胞工学 Vol.34 No.3 秀潤社 (2015)
  • 上村想太郎 リボソームによるタンパク質翻訳
    「1分子生物学」石渡信一・原田慶恵編 第9章 化学同人 (2014)
  • 上村想太郎 1分子シークエンサー
    「1分子生物学」石渡信一・原田慶恵編 第21章 化学同人 (2014)
  • 上村想太郎 Zero Mode Waveguides法による新しい1分子計測
    「1分子計測」化学フロンティアシリーズ23 トピックス3 化学同人 (2014)
  • 上村想太郎 次世代1分子計測技術でみえるタンパク質翻訳のしくみ
    パリティ 28, 11-13 (2013)
  • 上村想太郎 次世代1分子可視化技術で明らかになるタンパク質翻訳の仕組み
    顕微鏡 47, 206-210 (2012)
  • 上村想太郎 生物物理を基軸とした分野横断の重要性
    生物物理 52, 96-97. (2012)
  • 上村想太郎 なぜいま1分子を計るのか?
    現代化学 11月, 20-24. (2011)
  • 上村想太郎、小澤岳昌、加地範匡、権田幸祐 見つけることに意義がある
    現代化学 11月, 26-30. (2011)
  • 上村想太郎 ついに可視化されたコドンレベルのタンパク質合成
    生物物理 50, 294-295. (2010)
  • 上村想太郎 レーザートラップや蛍光を用いた1分子計測のタンパク質翻訳機構への応用
    BIOINDUSTRY 2月号 (2009)
  • 上村想太郎 タンパク質誕生の1分子可視化法
    生物物理 48, 340-341. (2008)
  • 上村想太郎、船津高志 タンパク質の翻訳と折りたたみ過程の1分子蛍光イメージング
    ぶんせき 11, 582-586. (2008)
  • 上村想太郎 リニア分子モーターの奥深さ~細胞骨格モーターから核酸モーターへ~
    化学同人「最新分子マシン」 113-117. (2008)
  • 上村想太郎、船津高志  1分子蛍光イメージング・1分子操作
    蛋白質・核酸・酵素(増刊号) 52, 1631-1636. (2007)
  • 上村想太郎、石渡信一  生体分子モーターの1分子力学
    応用物理 74, 196-201. (2005)
  • 川口憲治、上村想太郎、石渡信一  キネシン分子モーターの仕組み
    生物物理 42,156-161. (2002)

Others

Awards

2016 World Economic Forum Young Global Leader 2016
2011 Commendation by the Minister of Education, Culture, Sports, Science and Technology The Young Scientist’s Prize
2009 Research Foundation for Opto-Science and Technology Research Award
2006 The Biophysical Society of Japan Early Research in Biophysics Award
2006 Inoue Foundation of Science Inoue Research Award for Young Scientists
2016 世界経済フォーラム ヤンググローバルリーダー
2011 文部科学省 文部科学大臣表彰 若手科学者賞
2009 光科学技術研究振興財団 研究表彰
2006 日本生物物理学会 若手奨励賞
2006 井上科学振興財団 井上研究奨励賞

Intellectual properties

出願番号:特願2017-207475

出願日 2017/10/26
発明の名称 微細加工構造体を対象とした細胞数計数装置、細胞数計数システム及び細胞数計数方法
発明者 鎌谷直之、白崎善隆、上村想太郎、宮田楓、鎌谷高志、福永興壱、馬塲里英、松坂雅子
出願人 株式会社スタージェン、国立大学法人 東京大学

出願番号:特願2016-018036, 特願2016-213614

出願日 2016/2/2,2016/10/31
発明の名称 粒子分取装置及び粒子分取方法
発明者 合田圭介、磯崎瑛宏、芝田悠大、上村想太郎、白崎善隆、黄惇厚、小関泰之
出願人 国立研究開発法人 科学技術振興機構

出願番号:特願2016-014708, 特願2016-177163, PCT/JP2017/003069

出願日 2016/1/28,2016/9/9,2017/1/27
発明の名称 核酸分離用チップ、それを用いた核酸分離方法、および核酸分析方法
発明者 新宅博文、藁谷卓也、上村想太郎、小口祐伴
出願人 国立大学法人 京都大学、国立大学法人 東京大学

出願番号:特願2016-007715, PCT/JP2017/001770

出願日 2016/1/19,2017/1/19
発明の名称 経時変化の情報を基に細胞を回収する方法およびシステム
発明者 白崎善隆、上村想太郎、田中優実子、山岸舞
出願人 国立大学法人 東京大学

国際出願番号:PCT/JP2014/057085 国際公開番号:WO2014148419

公開日 2014/9/25
発明の名称 核酸配列決定用のフローセル
発明者 上村想太郎、小口祐伴
出願人 独立行政法人 理化学研究所

特許5598784 出願番号:特願2014-508640, PCT/JP2013/073233 国際公開番号:WO2014034818

特許取得日 2014/10/1
発明の名称 標的核酸の分析方法、キットおよび分析機器
発明者 林崎良英、伊藤昌可、荒川貴博、臼井健悟、上村想太郎、三谷康正
出願人 株式会社ダナフォーム

Newspapers

  • 2010/4/15
    日刊工業新聞20面「リボソームのタンパク質作成―1分子レベルで可視化―」
  • 2010/4/15
    日経産業新聞12面「蛍光物質で可視化 米スタンフォード大 創薬に応用」
  • 2010/5/14
    朝日新聞22面  「細胞が生きたまま観察について」

TV

  • 2016/4/30 14時~15時
    NHK Eテレ「テレビシンポジウム」第5回科学の甲子園
    →出演ダイジェスト版をご覧になりたい方はメールでご連絡ください。

Highlights

  • ‘Complex molecular dynamics in the spotlight’
    Nature Biotechnology(News and Views)28, 564-565. (2010)
  • ‘A ribosome in action’
    Nature(News and Views)464, 987-988. (2010)
  • ‘A glow on protein synthesis’
    Nature Methods(Research Highlight)7, 422-423. (2010)